home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1995 March / macformat-022.iso / Shareware City / Science / RasMol2 / Announce < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-10-28  |  6.9 KB  |  127 lines  |  [TEXT/ttxt]
  1.  
  2.  
  3.                             RasMol 2.5
  4.               Molecular Graphics Visualisation tool.
  5.  
  6.                            Roger Sayle 
  7.                   BioMolecular Structures Group
  8.                    Glaxo Research & Development
  9.                      Greenford, Middlesex, UK.
  10.                            October 1994
  11.  
  12.  
  13.     This posting is to announce the release of RasMol version 2.5. This
  14. latest version is available for the Apple Machintosh and PowerMac in 
  15. addition to UNIX, VMS and Microsoft Windows versions. RasMol is a molecular 
  16. graphics program intended for the visualisation of proteins, nucleic acids 
  17. and small molecules. The program is aimed at display, teaching and 
  18. generation of publication quality images. The program has been developed 
  19. at the University of Edinburgh's Biocomputing Research Unit and the 
  20. Biomolecular Structure Department at Glaxo Research and Development, 
  21. Greenford, UK. This latest version is has a significant number of 
  22. improvements over RasMol 2.4. In addition to performance improvements and
  23. bug fixes, the major enhancements are described at the end of this message. 
  24. For a complete list of changes refer to the distribution's "ChangeLog".
  25.  
  26.     RasMol reads in molecular co-ordinate files in a number of formats and
  27. interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour
  28. schemes and representations. Currently supported input file formats include
  29. Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy and Sybyl Mol2 formats,
  30. Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer
  31. Center's (MSC) XMol XYZ format and CHARMm format files. If connectivity
  32. information and/or secondary structure information is not contained in the
  33. file this is calculated automatically. The loaded molecule may be shown as
  34. wireframe, cylinder (Dreiding) stick bonds, alpha-carbon trace, spacefilling
  35. (CPK) spheres, macromolecular ribbons (either smooth shaded solid ribbons
  36. or parallel strands), hydrogen bonding and dot surface. Atoms may also be
  37. labelled with arbitrary text strings. Different parts of the molecule may be
  38. displayed and coloured independently of the rest of the molecule or shown in
  39. different representations simultaneously. The space filling spheres can even
  40. be shadowed. The displayed molecule may be rotated, translated, zoomed, 
  41. z-clipped (slabbed) interactively using either the mouse, the scroll bars, 
  42. the command line or an attached dials box. RasMol can read a prepared list 
  43. of commands from a `script' file (or via interprocess communication) to 
  44. allow a given image or viewpoint to be restored quickly. RasMol can also
  45. create a script file containing the commands required to regenerate the 
  46. current image. Finally the rendered image may be written out in a variety 
  47. of formats including both raster and vector PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT,
  48. Sun rasterfile or as a MolScript input script or Kinemage.
  49.  
  50.     RasMol will run on a wide range of architectures and systems including 
  51. SGI, sun4, sun3, sun386i, DEC, HP and E&S workstations, IBM RS/6000, 
  52. Cray, Sequent, DEC Alpha (OSF/1, OpenVMS and Windows NT), IBM PC (under 
  53. Microsoft Windows, Windows NT, OS/2, Linux, BSD386 and *BSD), Apple 
  54. Machintosh (System 7.0 or later), PowerMac and VAX VMS (under DEC Windows).
  55. UNIX and VMS versions require an 8bit, 24bit or 32bit X Windows frame 
  56. buffer (X11R4 or later). The X Windows version of RasMol provides optional 
  57. support for a hardware dials box and accelerated shared memory rendering 
  58. (via the XInput and MIT-SHM extensions) if available.
  59.  
  60.     The source code is public domain and freely distributable provided that
  61. the original author is suitably acknowledged. The complete source code and
  62. user documentation may be obtained by anonymous FTP from ftp.dcs.ed.ac.uk
  63. [129.215.160.5] in the directory /pub/rasmol. The source code, documentation
  64. and Microsoft Windows executables are stored in several files appropriate
  65. for the receiving operating system. Please read the "README" file in the
  66. distribution directory. UNIX and VAX systems should retreive either 
  67. RasMol2.tar.Z, RasMol2.tar.gz. Apple Mac users should retrieve rasmac.sit.hqx.
  68. Microsoft Windows users should retrieve raswin.zip and optionally the Visual
  69. Basic package rasmenu.zip. All these files include source code, on-line help,
  70. user manual and reference card. RasMac.sit.hqx, RasWin.zip and RasMenu.zip
  71. also contain executables for the required platform. Please remember to use 
  72. "binary" mode when transferring these files between systems. Check that the 
  73. file size is the same before and after transfer.
  74.  
  75.     Any comments, suggestions or questions about the package may be directed
  76. to the author at "rasmol@ggr.co.uk".
  77.  
  78.  
  79.  
  80. Enhancements since Version 2.4 [June 1994]
  81.  
  82.   o Developed an Apple Machintosh version of RasMol. `RasMac' requires 
  83.     System 7.0 or later and can compile under Symantec C/C++ or Metrowerks
  84.     C/C++ compilers for either the 68k or PPC. A `fat' binary is included
  85.     in the Machintosh distribution. RasMac can be used under MacMosaic.
  86.  
  87.   o Implemented atom labelling, any atom (or set of atoms) may be labelled 
  88.     by an arbitrary text string. Embedded characters allow the display of
  89.     atomic symbol, residue name, residue number, atom name etc...
  90.  
  91.   o Added support for the entire periodic table of elements. In addition
  92.     to VdW radii and CPK colours this allows atoms to be selected by name,
  93.     e.g. "select copper,zinc", and by atomic number, "select elemno>=35".
  94.  
  95.   o Improved the algorithms used to determine connectivity. RasMol now
  96.     uses the covalent radius of each element to determine bonding for
  97.     `small molecules'. The algorithm used may be selected with the
  98.     "connect" command. This also fixes problems reading CONECT records
  99.     in non-standard PDB files and allows PDB files to specify bond order.
  100.  
  101.   o RasMol now allows distances and radii to be given in Angstroms if
  102.     they contain a decimal point. Non-integer values may also be given
  103.     to the "slab", "zoom", "rotate" and "translate" commands.
  104.  
  105.   o Added the ability to generate Kinemage format files for display in
  106.     David Richardson's Mage program (as distributed by Protein Science).
  107.     Added the ability to generate Apple PICT files on all platforms.
  108.  
  109.   o Add the "colour atoms charge" and "colour dots potential" to colour
  110.     code atoms by their charge and dot surfaces by their electrostatic
  111.     potential respectively. [For files containing charge information!]
  112.  
  113.   o Improved the X Windows user interface using Motif-style pull-down
  114.     menus instead of buttons. Added (improved) support for SGI's hardware 
  115.     dials boxes.
  116.  
  117.   o Significantly reduced the size of generated RasMol scripts. The "save"
  118.     and "write" commands no longer work in scripts to be safe under Mosaic.
  119.  
  120.  
  121. Roger
  122. -- 
  123. Roger Sayle,                       INTERNET:  ras32425@ggr.co.uk
  124. Glaxo Research & Development (GRD)            ros@dcs.ed.ac.uk
  125. Greenford Road, Greenford          Tel:   (+44) 081 966 3567 (direct line)
  126. Middlesex UB6 0HE, UK.             Fax:   (+44) 081 966 4476
  127.